O Sector das Pescas, com as suas inúmeras oportunidades de desenvolvimento, tem um potencial explorável que varia entre 200 a 300 mil toneladas por ano de pescado de todas as espécies confundidas. Segundo as estatísticas nacionais, a captura total do pescado é estimada a 120 mil toneladas, dos quais 84% proveniente da pesca industrial e 16% da Pesca artesanal. Este sector representa, segundo as estimações, 4 % do PIB e emprega cerca de cerca de 6.600 pessoas, sendo 4.110 na pesca artesanal, 523 nos navios de pesca industrial e entre 1.690 a 1.900 dedicados a transformação e comercialização do pescado.
A ZEE da Guiné-Bissau é uma das mais produtivas e ricas em espécies pesqueiras da África Ocidental, devido a forte produção primária (240 toneladas de carbono por km2 ou 0,665 gC/m2 por dia). Estas cifras são da ordem da mesma grandeza daquelas calculadas para o conjunto da zona de «upwelling» Oeste-africanos (A. von Humbolt, Schemainda et al, 1975).
A referida produtividade é devida a presença de dois fenómenos sucessivos: (i) durante a estação fria (Dezembro-Abril) o vento provoca a ressurgência de outros nutrientes do fundo marinho para a superfície ao Norte do Arquipélago do Bijagós, e, enquanto, na estação das chuvas são outros nutrientes que são arrastados para o mar pelas fortes correntes fluviais dos rios do Sul; (ii) a extensão da plataforma continental, baixa profundidade e uma larga gama de ambientes marinhos em que os grandes estuários dos rios são dotados de um sistema de proteção natural composto de muitas ilhas, bancos de areia e batimetrias profundas do interior das águas territoriais.
As características da linha costeira proporcionam um elevado nível de biodiversidade, que a Guiné-Bissau se tem empenhado em preservar. Merecem especial destaque as áreas protegidas como o Parque Natural de Mangais do Rio Cacheu (PNTC) e o Arquipélago dos Bijagós, cujas águas têm uma elevada produtividade primária.
Outras áreas como as bacias do Rio Grande de Buba, do Rio Mansoa e a bacia do Rio Tombali podem encontrar-se não apenas um grande número de peixes, crustáceos e moluscos, mas igualmente de espécies marinhas cuja sobrevivência se encontra em risco (cinco espécies de tartarugas, entre as quais a verde, mamíferos marinhos, tubarões, crocodilos e mesmo hipopótamos que têm o seu habitat em águas marinhas).
A Guiné-Bissau tem levado a cabo importantes esforços para proteger este ambiente costeiro altamente valioso através da criação de áreas marinhas protegidas nas quais a pesca comercial é proibida. Estes parques marinhos incluem o arquipélago dos Bijagós, Ilha do Poilão e os mangais do Rio Cacheu.
