O atual quadro legal e regulamentar do sector, data de 1986, quando a primeira Lei das Pescas foi adotada (Decreto Lei nº 10/86). Desde então só sofreu uma ligeira modificação em 1994. A última revisão teve lugar em 2008, que resultou na publicação de: (i) Regulamento de Inspeção do Pescado (Decreto Lei nº 9/2011); (ii) Lei Geral das Pescas (Decreto Lei nº 10/2011); e (iii) Regulamento da Pesca Artesanal (Decreto nº 24/2011).

No âmbito da revisão do quadro legal, o regulamento da pesca industrial aguarda a sua promulgação e publicação, enquanto os demais diplomas (Lei Orgânica, Estatutos de FISCAP, regulamento do VMS, regulamento sobre aquacultura etc.) encontram-se na fase de elaboração.

São diversas as medidas de gestão adotadas na Guiné-Bissau. A mais geral diz respeito à divisão da ZEE em áreas de acesso condicionado: a área dentro das 12 milhas náuticas da linha de base da costa é reservada à pesca artesanal, embora com algumas restrições devido à existência de áreas protegidas; e a área para além das 12 milhas náuticas é a única à qual as frotas industriais podem aceder.